Até onde sei, não há uma maneira fácil de criar um único alias centralizado para uma instância do SQL Server.
Você pode criar aliases no cliente SQL, mas elas precisam ser criadas em cada máquina cliente, o que não ajuda muito. Também não tenho certeza se seu alias pode ser formatado como uma instância nomeada nesse cenário. Na verdade, você pode fazer um alias aparecer como uma instância nomeada.
Em qualquer caso, é muito melhor atualizar as configurações.
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Com base no seu comentário, sim, eu entendi mal.
Nesse caso, um alias SQL é o caminho a percorrer. Você pode usar o SQL Server Configuration Manager, se estiver instalado, mas, se não, poderá usar o Utilitário de rede do cliente do SQL Server (cliconfig.exe).
Se não estiver funcionando, uma coisa a verificar é a plataforma. Há uma versão separada para 32 bits e 64 bits se você estiver em um sistema de 64 bits:
32 bits:
C:\Windows\System32\cliconfig.exe
64 bits:
C:\Windows\SysWOW64\cliconfig.exe