Eu sugiro que você experimente o utilitário de linha de comando chamado NCDU, baseado em ncurses. Ele irá analisar o seu disco e permitir que você navegue através dele com a interface ncurses. Este é um exemplo:
--- /tmp ----------------------------------------------------------------------
393.7MiB [##########] web_www_2015-02-17.tar.gz
57.8MiB [# ] /builder
23.3MiB [ ] /config-prod
15.0MiB [ ] web_db_2015-02-17.sql.gz
Você pode apenas mover os cursores e com a chave de retorno aprofundar os diretórios.
Para instalá-lo, basta executar:
# yum install ncdu
Nota: você precisará do repositório EPEL no EL5 / 6 para o ncdu.
Mais tarde, para executá-lo em um FS específico:
# ncdu -x /path/to/mountpoint
-x significa - somente escaneia o FS atual.
Editar: Se você ainda não conseguir encontrar arquivos que estão ocupando espaço em disco, é possível que eles tenham sido excluídos, mas ainda estejam abertos. Isso pode acontecer com arquivos de log, por exemplo. Para procurar esses arquivos, execute o seguinte comando:
# lsof | grep deleted
Para excluir esses arquivos, você precisa interromper os processos que os estão mantendo. Outra maneira de liberar o espaço em disco é dar uma olhada no sistema de arquivos proc, encontrar essas alças de arquivos e anular os arquivos. O nome do arquivo será a última coluna da saída, portanto copie-o e encontre um link simbólico apontando para ele em / proc e, em seguida, anule o arquivo:
# > /proc/<pid>/fd/<number>