Sempre que seu servidor foi comprometido e começou a gerar uma inundação de spam, você pode considerar que todos irão colocar você na lista negra.
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Para o primeiro passo, você deve parar o flood de spam. Descubra o que está causando isso e garanta que esse incidente provavelmente acontecerá novamente.
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Em seguida, você pode tentar enviar a solicitação de remoção para o DNSBL público, como o Barracuda. Como outra resposta disse, usando mxtoolbox você pode verificar a lista negra rapidamente.
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Para grandes ofertas como Yahoo, Gmail, Hotmail, eles têm seu próprio sistema de reputação privado. Então, para esse provedor, você deve esperar.
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O último passo é garantir que seu provedor (VPS / ISP) não bloqueie seu tráfego de e-mail. Eles podem receber uma denúncia de abuso da sua "vítima" e colocar o seu IP na lista negra deles.