Depois de uma rápida olhada na configuração que você postou, parece que a configuração AddHandler é ausente:
#BEGIN PHP-5.5
PHPIniDir "C:\server\php-5.5\"
LoadModule php5_module "C:\server\php-5.5\php5apache2_4.dll"
AddHandler application/x-httpd-php .php
É isso que instrui o servidor da Web em combinação com o módulo PHP5 a analisar .php
arquivos em vez de exibi-los como texto simples.