O BitTorrent Sync parece que vai fazer o que você quiser.
Você basicamente dá a ele uma pasta para sincronizar, e o que quer que você coloque nessa pasta - estrutura e tudo - é sincronizado com qualquer máquina que você configurar com a chave secreta.
Você pode até mesmo especificar uma chave somente para leitura, para que as outras máquinas não possam afetar seu "mestre".
As máquinas podem ficar off-line por muito tempo e, quando ficam on-line, elas se conectam aos outros colegas e realizam qualquer comparação.
E, claro, é grátis.