Meu palpite é que você precisa habilitar o NameVirtualHost para a porta SSL.
Isso pode ser feito editando o arquivo /etc/apache2/ports.conf.
Lá você pode ver a configuração da porta 80:
NameVirtualHost *:80
Listen 80
Você também pode ver as tags mod_ssl.c do módulo IF. Por padrão, deve haver apenas "Listen 443" dentro das tags e você só precisa adicionar "NameVirtualHost *: 443" acima da linha "Listen 443". Acredito que isso deve corrigir seu problema.
Aparentemente eu não tenho a reputação de postar imagens, então aqui vai: link
EDIT: Não se esqueça de reiniciar o Apache.