Isto porque você estará rodando a versão Linux, e atualmente o "emulador" Linux para o FreeBSD atualmente suporta apenas o Linux 32bits.
(Eu coloco "emulador" entre aspas porque não é realmente um emulador, é apenas um tradutor de syscall. E há trabalho para adicionar suporte ao Linux 64bit, mas até então apenas binários de 32bits do Linux podem ser executados.)
Honestamente, para mim, o pacote OpenJDK 1.7 nativo (construído a partir da porta java / openjdk7) funciona muito bem, portanto, a menos que você tenha algum requisito especial para usar a versão do Oracle, use o OpenJDK 1.7.