O que você descreve em seu comentário me dá a vontade! Isso soa como RAM ruim, um mau controlador de E / S, etc. Isso definitivamente não é o comportamento normal do Windows.
A execução de CMD.EXE em uma instalação do Windows em x64, a menos que você faça uma tentativa específica, executará um processo de CMD.EXE de 64 bits. Comandos como copy , move e del são integrais a CMD.EXE , então você ainda está recebendo "versões" de 64 bits desses comandos. Mesmo se você estivesse invocando explicitamente uma experiência de 32 bits CMD.EXE , minha experiência é que as coisas funcionam bem.
O ambiente Windows no Windows de 64 bits (WOW64) é bastante maduro. Ele existe desde o Windows Server 2003 x64 Edition e não conheço nenhuma reputação de "flakiness". Eu acho que o Windows de 64 bits obtém um mau bAT principalmente a partir de dispositivos que têm apenas drivers de modo kernel de 32 bits disponíveis e de sua incapacidade de executar aplicativos de 16 bits. Nenhuma dessas coisas, porém, é parecida com o que você está descrevendo.