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Aproveite o VMware SRM ou, pelo menos, o VMware Replication. Isso reduzirá drasticamente a quantidade de tempo que você leva para ficar on-line em um datacenter secundário. (A Réplica do Hyper-V e o HVRM são equivalentes na pilha da Microsoft.
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Separe seu front-end de seu back-end. Parece que você precisa de uma camada da Web e de uma camada de banco de dados.
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Invista no balanceamento de carga adequado para seu front end. Isso pode significar instalar e configurar um cluster Netscalar multi-site ou configurar algo como o HAProxy.
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Introduza a redundância na sua camada de banco de dados. Você não menciona qual produto de banco de dados está usando, mas muitos têm alta disponibilidade, replicação, cluster, etc. disponíveis. Use isso.
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Torne seu site de DR um "site ativo", no qual você tem alguns servidores em execução constantemente, como espelhos de bancos de dados. Então você não precisa restaurá-los em um desastre, basta torná-los o nó ativo.
O vSphere facilita o backup e a recuperação abstraindo o hardware, mas não substitui os métodos de alta disponibilidade testados e comprovados quando a disponibilidade é crítica.
Não há motivos para ter uma única instância do vSphere por website. Isso não te ganha nada.