Você provavelmente está se deparando com o Linux OOM Killer . Tente isto:
grep -i memory /var/log/syslog
Além disso, adicione a saída de
free -mt
Você pode considerar comprar uma instância de memória maior ou configurar o espaço de troca. Como alternativa, remova alguns dos softwares que você instalou.
EDITAR:
Tente adicionar / editar my.cnf para dizer:
innodb_buffer_pool_size = 128M
Em seguida, reinicie o mysql.