Não há nada de especial sobre uma montagem FUSE a partir de uma perspectiva de benchmarking - é apenas um sistema de arquivos.
Use bonnie, fio, o que você quiser.
Existe alguma maneira de medir o desempenho em uma montagem baseada no FUSE que é montada via executável de longa duração (nenhum dispositivo é usado, nem /etc/fstab de entrada adicionada)?