Descobrimos o motivo, que é de fato específico para o contêiner do Elastic Beanstalk para o PHP 5.5 .
Por algum motivo obscuro, a equipe da AWS escolheu mover php.ini de seu local original em /etc/php.ini para /etc/php.d/php.ini .
Como os arquivos em php.d são processados em ordem alfabética, meu app.ini agora foi processado antes de php.ini e, portanto, foi substituído.
Eu abri uma discussão nos fóruns da AWS , para perguntar à AWS se eles considerariam movendo php.ini de volta para sua localização original.
Nesse meio tempo, a solução é simplesmente renomear o arquivo para que ele apareça depois do php.ini , no meu caso, renomear para zapp.ini fez o truque.