Isso não é um bug, isso é resultado do fato de que a sincronização do ownCloud na realidade é realmente mal implementada.
Primeiro de tudo, todo esse material roda no espaço PHP no servidor web, o que você usa, Apache com mod_php, Nginx ou o que quer que seja.O ownCloud foi desenvolvido pensando no usuário doméstico, o que significa que o material deve ser executado em qualquer lugar. Ele funciona bem se você precisar sincronizar apenas algumas centenas de arquivos. Se você precisa sincronizar mais do que isso, na faixa de milhares ou dez mil, as falhas fundamentais do design do ownCloud vêm à luz.
Isso significa que, até recentemente, só enviava arquivos serializados, ou seja, um arquivo após o outro. Claro que isso é lento. Agora eles fazem uploads paralelos, mas isso não resolve o problema ainda do componente de sincronização com baixa designação no servidor e o protocolo de sincronização mal projetado.
E mesmo com o upload de arquivos paralelos, a velocidade é insignificante e você ainda tem o eterno problema de arquivos duplicados em massa e o que quer que seja.
O que o ownCloud realmente precisa é de um componente autônomo de sincronização do servidor, executado em qualquer linguagem de programação, mas exatamente como um daemon.
Enquanto não houver tal coisa, o ownCloud sempre soará bem na teoria e será ruim na práxis. Isso inclui o ownCloud 7.
Se você precisa de uma solução de sincronização de código aberto à prova de falhas que se adapte bem a milhares de arquivos e funcione de maneira confiável, o OwnCloud definitivamente não é o que deve ser usado e você deve dar uma olhada nas alternativas.