Acredito que isso pode ser feito com dois blocos de localização, um para a própria pasta que possui o índice automático e um para os arquivos nele. Provavelmente, elas devem ser locais de regex.
Exemplo não testado:
#location for the root folder listing with or without trailing slash
location ~ ^/(mcscreens|mcscreens/)$ {
auth_basic "Restricted";
auth_basic_user_file htpasswd;
autoindex on;
}
#allow retrieval of any individual image via URL without auth
location ~ ^/mcscreens/* {
autoindex off;
}