Estou suspeitando que você não tenha a Enumeração Baseada em Acesso ativada no servidor secundário, e isso fornece a noção de que os usuários têm acesso total a tudo. O DFS-R replica as configurações do NTFS (a menos que você se preocupe com as configurações do NTFS na pasta principal ANTES de sincronizar).
ABE é algo que você normalmente configura apenas no compartilhamento DFS, pois os usuários são apontados contra eles em vez de acessar diretamente um servidor.
Por favor, verifique a seguinte configuração:
EDITdepoisdeumadiscussãodecomentáriosmaislongaabaixo
OgrupoUsuárioslocaistemacessoàpasta,quetambémconcedeacessoa"Usuários do domínio" (eles estão juntos).