Acho que seria melhor usar uma ferramenta de sincronização de arquivos autônoma (rsync, ROBOCOPY, SureSync etc.) em vez de DFS-R. Você precisará manter um domínio para o DFS-R e, como presumivelmente, não vai querer dedicar uma máquina controladora de domínio (DC) em cada rede, você estará na posição de executar -DC funções em um DC. Isso geralmente não é recomendado.
Eu não ficaria tão indeciso em fazer as coisas do "jeito do Windows" que você acaba criando uma infraestrutura desnecessária apenas para aproveitar um recurso que, em seu aplicativo, tem um valor duvidoso.