As outras respostas são sobre a personalização da configuração do Plesk, enquanto a sua pergunta parece ser de um tópico ligeiramente diferente, sobre a sua própria configuração coexistindo com o Plesk.
Sim, você pode colocar seu próprio VHost na configuração nativa do Apache e o Plesk não irá quebrar / sobrescrevê-lo. Apenas certifique-se de não colocá-lo em qualquer arquivo gerado pelo Plesk (normalmente teria um aviso de cabeçalho para não modificar o arquivo).
i.e. você poderia colocá-lo em /etc/httpd/conf/conf.d
(local padrão para sistemas operacionais semelhantes ao CentOS). Desde que o vHost e o Plesk vhosts estejam configurados corretamente, eles viverão felizes juntos.
No entanto, existem várias desvantagens nessa abordagem, que você pode considerar seriamente:
- As versões mais recentes do Plesk geralmente trazem o proxy Nginx além do Apache para uma carga otimizada. Isso é feito de forma muito transparente para os usuários do Painel de Controle, mas você pode precisar aprender a configuração do Nginx para tornar seu site compatível;
- seu vhost sobreviverá à atualização do Plesk, pode não sobreviver à reconfiguração do serviço feita através do Plesk. Como o seu site será o único quebrado, os proprietários de painéis de controle poderão mais tarde culpá-lo;
- apenas para o caso de os proprietários de painéis de controle precisarem de qualquer ajuste posteriormente em seu site, eles não poderão realizá-lo normalmente;
Geralmente, como este cliente já está usando o Plesk, adicionar outro site no Plesk não deve ser complicado. ou seja, se eu estiver adicionando outro site, seu docroot aparecerá em /var/www/
(estou usando o CentOS) e sua configuração do Apache estará localizada em /etc/httpd/conf/
(novamente - CentOS, e eu estou no Plesk 11.5). O outro respondedor aqui já deu uma referência às diretrizes adequadas de personalização.