Você pode apontar quantos domínios desejar em uma instância do EC2. A questão é, quantos servidores virtuais você pode hospedar fora da instância ou das instâncias do EC2 que você está executando?
Você não especificou o tipo de instância. E mesmo se você tivesse, alguns deles vêm com um desempenho imprevisível (ótimo em um momento, pobre no seguinte devido a compartilhar recursos com outras máquinas virtuais na mesma máquina física). Não use nada menos do que uma instância grande ou grande para o Windows, pois você acabará compartilhando o hardware com menos inquilinos, quanto maior o tipo de instância.
Em qualquer caso, você pode hospedar seus domínios em várias instâncias do EC2 e usar o recurso Load Balance para distribuir sua carga de trabalho por várias instâncias do EC2. Desde que seu website esteja configurado com isso em mente.