O script tem que estar no mesmo caminho do que o seu craftbuckit.jar
. Como alternativa, você pode adicionar o caminho absoluto ao script:
#!/bin/bash
java -Xms1024M -Xmx1024M -jar /path/to/craftbukkit.jar -o true
Além disso, você deve executar o script em um terminal para poder ver a saída. Eu acho que o servidor de minecraft inicia um console de administração no terminal. Eu não sei como vai se comportar se você não executar em um terminal. Na melhor das hipóteses, você terá problemas para parar o servidor mais tarde e não terá acesso ao Admin Console.