As instâncias em que eu vi isso é ao usar uma máquina xen vm, que tem um hipervisor com um relógio que não está sincronizado.
Não importa o que você faça, por padrão, o convidado xen sincronizará seu tempo com o dom0 (hipervisor), e é por isso que nem o NTP nem o ajuste da hora "pela força" funcionam sem a configuração:
xen.independent_wallclock = 1
Talvez sua hospedagem ofereça hipervisor em que você esteja em execução, não use o NTP ou esteja sincronizando com uma fonte de horário ruim ...