Meu palpite é que, de alguma forma, a zona de segurança associada à sua Intranet ou ao servidor de arquivos foi alterada.
O IE não permitirá que você abra conteúdo de uma zona menos segura por motivos de segurança. Portanto, se as coisas do IE da sua Intranet estiverem na 'Zona da Intranet' e o seu servidor de arquivos estiver na 'Zona da Internet', você não poderá seguir o link automaticamente, mas poderá abri-lo em outra guia ou clique com o botão direito.
Verifique em qual zona a página da Web está e em qual zona o IE está no servidor de arquivos.