1) Does it matter if fragmentation becomes 100%? Does it impact performance in any way?
Somente se o APC tentar adicionar novos itens ao shm. Como você está obtendo uma taxa de acerto de 99,9% (e as únicas falhas foram para carregar os arquivos inicialmente), isso não afeta o desempenho.
2) Why does fragmentation not go down?
Porque o ttl só entra em jogo quando é necessário mais espaço que não pode ser satisfeito a partir das lacunas atuais.
3) Why does the Cache full count not increment
É um pouco impróprio - realmente conta o número de vezes que o apc teve que despejar coisas do cache para abrir espaço para novas entradas.
I am using APC version 3.1.7 is it worth upgrading to the latest version?
Essa pergunta é muito complexa para responder aqui. É recomendável manter sua instalação atualizada com patches para segurança / estabilidade / desempenho, mas também é importante manter os componentes de sua instalação consistentes.