O Amazon VPC atualmente não fornece um método para conectar vários VPCs - você não perdeu nada lá.
Se você decidir seguir a rota da VPN, há alguns artigos sobre como configurar isso entre as VPCs - uma utiliza IPsec e os outros OpenVPN .
Na verdade, eu recomendaria usar túneis SSH com redirecionamento de porta dos seus servidores de aplicativos para os servidores de banco de dados. Você pode usar uma ferramenta como autossh para garantir que o túnel SSH esteja sempre ativo. Você evita a sobrecarga da negociação de SSL para cada conexão de banco de dados.