Depende do Makefile. Se for o padrão criado com automake , você pode executar:
make install DESTDIR=/tmp/stage
e todos os seus arquivos terminarão em /tmp/stage . Você pode então rsync-los para onde você precisar.
Ou melhor ainda, crie um pacote adequado (rpm, deb ..) que você possa instalar com suas ferramentas padrão. É um pouco mais envolvido, mas leva a um sistema muito mais organizado.