Esta não é uma resposta perfeita, mas aqui está o que eu fiz. Voltei a função RAID do controlador no BIOS. Então reiniciei o computador e entrei na BIOS da placa RAID. Mostrou o disco que fazia parte de um espelho, mas não estava funcional. (Eu não sei como isso aconteceu porque esse disco nunca foi parte de um espelho). Lá eu apaguei o disco. Em seguida, reiniciei o computador novamente, configure o BIOS de RAID para AHCI. Então reiniciado novamente. E voila! O FreeBSD agora poderia usá-los como discos simples, e a criação do zpool correu bem.
A moral da história: não importa o que você faz na BIOS. O FreeBSD + graid ainda reconhecerá e usará seus arrays RAID, mesmo que eles não estejam funcionais. A verdadeira questão: por que não consegui deletar o volume raid / r1 com graid - não sei a resposta para isso. Mas minha solução alternativa funciona (o único problema é que você precisa reiniciar os horários do servidor).