A principal diferença é que o Endpoint Protection 20102 está integrado ao Configuration Manager 2012 - não é mais uma peça separada. Quando você implanta o Endpoint Protection 2012 do Configuration Manager, ele remove as soluções antivírus existentes, incluindo as versões anteriores do Forefront. Veja aqui:
Sobre as configurações do cliente no Configuration Manager
Eu diria que você precisaria recriar as configurações gerenciadas do Endpoint Protection, mas não tenho certeza (usamos a McAfee anteriormente).