Você tem:
a) 6 milhões de arquivos / diretórios / links sob /
; ou
b) Um sistema de arquivos corrompido.
Meu dinheiro está em (b), então eu sugiro que você tire seu sistema e execute fsck
( fsck -y
minimizará a dor) e veja se ele limpa a bagunça.
Se o seu sistema de arquivos não estiver corrompido, apague alguns arquivos.