É possível montar instantâneos de SAN, desde que sua SAN ofereça suporte a ele. Esse não é um recurso comum em SANs de baixo custo e geralmente é um recurso de compra em SANs de nível médio e superior. Dito isto, os instantâneos de volume não são o caminho certo para fazer isso. Sim, isso é bom se você precisar reverter um servidor rapidamente, mas como você descobriu, isso não é uma solução de "backup".
A maneira correta de fazer isso é usar um programa de backup projetado para fazer backup dos convidados do Hyper-V. Os instantâneos do volume da SAN não farão parte dessa equação.