Há algumas coisas que estão aqui fora.
A execução de duas versões do PHP simultaneamente sob o mesmo processo do Apache geralmente é feita via CGI. Mas você parece estar tentando carregar o PHP como um módulo do Apache (por que essa linha do LoadModule em um VirtualHost)?
php_value
, e diretivas relacionadas, só funcionam quando o PHP é executado como um módulo do Apache (não sob CGI). Portanto, se você estiver executando o PHP no CGI, apenas os valores do php.ini funcionarão.