Para arquivos grandes, o desempenho efetivo do compartilhamento de arquivos do Windows é de cerca de 50% da largura de banda do gargalo esperado. Foi o que descobri quando fiz benchmarks controlados de vários métodos de transferência de arquivos no Windows NT 4.0 há muitos anos. Eu encontrei o FTP do Windows para ser muito mais rápido, mesmo para FTP e SCP Cygwin. Minha impressão é que isso não mudou para o Windows 7. Parece que a subutilização está embutida no protocolo, talvez ele jogue pingue-pongue.
Um dos parâmetros que eu precisava ajustar (aumentar) para alcançar um "desempenho de gargalo" próximo ao FTP era o tamanho da janela TCP. No entanto, espero que o valor padrão tenha sido aumentado desde então. Como os parâmetros de buffer desse tipo afetam mais do que o throughput, tenha cuidado ao tocá-los.