Apenas um palpite desde que eu não sou um desenvolvedor de python, mas o seu script provavelmente está rodando como o usuário do apache2 (normalmente www-data em ubuntu / debian machines, você terá que verificar o seu). Se você criar um diretório gravável para esse usuário ou grupo, poderá criar o diretório dentro dele.
Por exemplo:
# creating the application dir
sudo mkdir /var/www/myapp
# creating the writable dir
sudo mkdir /var/www/myapp/writable
# change the group of this folder
sudo chgrp www-data /var/www/myapp/writable
# grant the group write access
sudo chmod g+w /var/www/myapp/writable