Nesse caso, o noarch "binary" é realmente apenas um script de controle (shell, perl ou similar - neste caso, é um script Python). É "independente de arquitetura" porque está escrito em uma linguagem interpretada e não se importa com a CPU em que está sendo executado.
Você ainda precisaria de um Cliente ou Visualizador apropriado à sua arquitetura para executar o dobramento ou visualizar os resultados (porque na verdade são códigos compilados, provavelmente C ou C ++, e se importam muito com o processador para o qual foram construídos) .
Isso não quer dizer que você não possa criar um cliente ou visualizador de Folding-at-Home independente de arquitetura, mas a menos que você esteja oferecendo para implementá-lo em uma linguagem multiplataforma, eu não respiração: -)
O que é melhor para aplicativos de alto desempenho? Depende do aplicativo, mas geralmente código compilado, construído e otimizado para a arquitetura em que vai ser executado.