O Multiple JobTracker pode ser útil na arquitetura Multi-Cluster. Assim, a carga no nível do cluster pode ser distribuída entre os JobTrackers.
Em um único cluster, o seguinte pode se tornar um problema.
(a) Se vários servidores JobTracker compartilharem um cluster HDFS, cada um deverá ter um mapred.system.dir diferente ou os JobTrackers excluirão os arquivos de trabalho um do outro.
(b) O script de administração "Start-all ou stop-all" se tornará um problema, a menos que cada um tenha uma porta diferente.