Como você tem o MySQL 5.0.95, eu recomendo strongmente que você não apenas remova o skip-innodb, mas também atualize para o MySQL 5.5. Por que ???
O InnoDB foi aprimorado para aproveitar várias CPUs e hyperthreading. Há um problema: Você precisa configurar o my.cnf corretamente para fazer isso . Digo isso porque, em alguns casos, o MySQL 5.0 OUT-OF-THE-BOX é executado mais rápido que o MySQL 5.5 FORA-DA-CAIXA.
Eu escrevi posts anteriores sobre isso no DBA StackExchange:
-
Nov 24, 2011
: Por que o mysql 5.5 é mais lento que o 5.1 (linux, usando mysqlslap) -
Oct 05, 2011
: A consulta é executada há muito tempo em algumas versões mais recentes do MySQL -
Sep 20, 2011
: Multi núcleos e desempenho do MySQL -
Jun 19, 2011
: Como faço corretamente um bake-off do MySQL? -
May 26, 2011
: Sobre o desempenho de bancos de dados de encadeamento único versus multithreaded