However it is widely acknowledged that it's wrong and it's bad to modify an email at MTA level
Embora eu concorde que é um pouco bobo, vejo pouca evidência em minha caixa de entrada que foi "amplamente reconhecida": (
not to mention a mixture of Thunderbird, Outlook and MacMail clients
Então, talvez este seja um caso de uso definitivo para e-mail baseado na Web (dê uma olhada no Zimbra e no Squirrelmail). Se você não consegue controlar qual cliente de e-mail ele usa, como você pode controlar qual é o conteúdo? Mas levando esse argumento um passo adiante, se você precisar marcar seus e-mails dessa maneira, isso significa que você tem uma política sobre e-mails - que deve incluir informações como formatação e assinaturas digitais - se você quebrar um e-mail não compatível adicionando uma assinatura no MTA, então talvez seja um resultado desejável? Há muitos milters que oferecem essa funcionalidade.