What's a better working routine, taking snapshots of vm's or taking backups (Acronis/CloneZilla) of systems?
Quando se trata de DCs, nunca restaure de instantâneos. Ever.
Parece que sua preocupação é uma restauração muito rápida. Se esse for o caso, você deve separar a função de servidor de arquivos da função Serviços de Domínio Active Directory. Se você tiver apenas uma peça de hardware, isso significa virtualizar.
Você também deve ter pelo menos dois CDs em duas caixas separadas. Mesmo que a segunda caixa seja apenas um PC antigo com um segundo disco rígido e software RAID, é melhor que nada.
I wanted to install phpVirtualBox once but never finished, is it suitable in a productive environment?
Não, o VirtualBox não é um produto de virtualização de servidores. O VMWare ESXi é gratuito. Você não recebe o vMotion ou qualquer outro produto pago, mas obtém o Hypervisor gratuitamente. No seu caso, isso é tudo o que você precisa com uma única caixa.
Além disso, o Hyper-V deu alguns grandes avanços. O Hyper-V Server 3 parece realmente muito bom, embora ainda não esteja pronto.