Como você está aceitando dados de string no Windows, a maneira mais simples é criar um site hospedado no IIS usando a estrutura de sua escolha (ASP.NET, PHP, etc.)
Abra a porta 80 em seu grupo de segurança do Windows para aceitar conexões somente de suas caixas linux. Isso impede que outras pessoas se conectem à sua caixa do Windows.
Se você quiser criptografar os dados, poderá criptografá-lo antes de enviá-lo e descriptografá-lo do outro lado, ou poderá usar um certificado SSL e usar https.