Você precisará reinstalar o Grub. Toda vez que eu instalei o Windows AFTER Linux, o Windows gravaria seu Master Boot Record (MBR) no Grub, portanto você precisará reinstalar o grub na sua unidade.
Não me lembro de o comando do Grub ter sido longo demais, espero que alguém possa ajudá-lo com um link ou um guia passo-a-passo.
Toda vez que eu tive esse problema, todos os meus dados estavam seguros. A menos que você tenha feito algo errado ou algo tenha dado errado, todos os seus arquivos devem ficar bem.