Sou fã de,
plink.exe username@myserver "echo /home/username/do-backup.sh | at now + 1 min"
que dirá ao servidor remoto para iniciar o script em 1 minuto.
Observe que, como isso está executando o script por meio do planejador, talvez seja necessário garantir que o script configure o ambiente corretamente, pode não ser exatamente o mesmo ambiente de quando é executado em uma sessão interativa.