Basta colocar dentro da definição de compartilhamento:
recycle:exclude = *.*
Pelo menos isso funcionou para mim usando o Samba 4.1.17, em uma máquina Debian 8.0 x86_64.
O que aconteceu comigo
Ativei a lixeira do Samba para todos os compartilhamentos em um servidor de arquivos nosso no trabalho. Por exemplo:
[global]
...
recycle:exclude = *.tmp, *.log, *.obj, ~*.*, *.bak, *.iso
recycle:exclude_dir = tmp, cache
recycle:keeptree = yes
recycle:repository = /var/samba/trash/%S
recycle:versions = yes
...
E eu configurei um compartilhamento RECYCLE, apenas para facilitar a recuperação de arquivos excluídos acidentalmente:
[RECYCLE]
path = /var/samba/trash
writable = yes
Em seguida, percebi que, em uma máquina cliente, eu excluía um arquivo de qualquer compartilhamento e, em seguida, recortava e colava esse arquivo do compartilhamento RECYCLE em seu compartilhamento original, o Samba criou um backup do compartilhamento RECYCLE com o arquivo recuperado dentro dela (ou seja, uma lixeira da própria lixeira).
A solução que encontrei foi excluir o compartilhamento RECYCLE do recurso de reciclagem do Samba:
[global]
...
recycle:exclude = *.tmp, *.log, *.obj, ~*.*, *.bak, *.iso
recycle:exclude_dir = tmp, cache
recycle:keeptree = yes
recycle:repository = /var/samba/trash/%S
recycle:versions = yes
...
[RECYCLE]
path = /var/samba/trash
recycle:exclude = *.*
writable = yes