Isso depende muito de como você lida com seus registros NS.
Se os sites de todos os seus clientes apontarem ns1.yourcompany.com
/ ns2.yourcompany.com
apenas alterem os IPs desses servidores (incluindo todos os registros de cola criados pelo registrador), você estará bem - embora seja necessário manter o servidor GoDaddy em execução por pelo menos alguns dias depois de fazer a troca de segurança.
Se os sites de todos os seus clientes tiverem domínio próprio como domínio NS ( ns1.clientsdomain.com
/ ns2.clientsdomain.com
), seus clientes DEVEM atualizar os registros de cola em seus registradores , ou seu DNS irá quebrar quando você descomissionar o servidor GoDaddy.
Se este for o caso, tudo o que você pode fazer é enviar um monte de avisos para os seus clientes (dar-lhes 15 a 30 dias para cuidar disso, e com cada lembrete dizer-lhes " SEU SITE CESSARÁ PARA TRABALHAR SE ESTA QUESTÃO NÃO FOR APRESENTADA NUMA MANEIRA OPORTUNAL ".
A partir da experiência de fazer migrações de servidor DNS, posso dizer que cerca de 5% dos meus clientes não responderam em tempo hábil, portanto, tenha pessoal de suporte extra disponível (ou esteja pronto para receber as chamadas) caso alguém ofereça um site para cima.
Observe que em nenhuma circunstância você deve estar apontando registros NS em CNAMEs. Isso é ruim, errado e pode quebrar a Internet. (Veja esta outra pergunta sobre fazer exatamente isso porquê, com referências RFC.)