Após atualizar meus módulos de RAM para dual channel (8GB) no meu laptop Inspiron, o problema persistente parece ter desaparecido automaticamente após algumas semanas. Portanto, eu suponho, o problema da fonte truncada era basicamente nada mais do que uma baixa alocação de memória após a hibernação (ou, geralmente, qualquer tarefa que consuma memória, como o uso do Matlab, etc).
O Ubuntu mudou automaticamente meu swap de 10 GB para 13 GB e tudo parece bem até agora.