A resposta no final foi ...
Para usar o registro global em vez do registro por host virtual. Eu comentei todos os logs personalizados e logs de erro dos hosts virtuais, em seguida, no httpd.conf eu adicionei
CustomLog '|/usr/sbin/rotatelogs "/var/log/apache2/access_log.%Y-%m-%d" 604800 0' "%h %v %l %u %t \"%r\" %>s %b"
ErrorLog '|/usr/sbin/rotatelogs "/var/log/apache2/error_log.%Y-%m-%d" 604800 0'
Isso fez o truque