depende muito de quão grande é o software é.
Ele se é pequeno o suficiente apenas fazer uma atualização MSI.
Se o pacote é enorme, então um MSP pode ser melhor.
simply be treated like a new version of the product?
Leia a documentação sobre como o controle de versão deve funcionar. Isso pode ser uma pequena atualização ou não, dependendo de suas políticas. Eu colocaria isso como atualização menor.