Alguém grita com seus discos rígidos ? :-)
Mais seriamente: há muita atividade de gravação durante os picos de latência de E / S? Você já tentou usar iotop
e / ou btrace
para ver o que está acontecendo sob o capô?
Talvez o controlador RAID libere seu cache durante os picos e bloqueie tudo até que ele seja concluído?