Você pode usar este comando para identificar qualquer processo do Tomcat em execução em segundo plano:
ps -ef | grep "org.apache.catalina.startup.Bootstrap" | grep -v grep
Você deve obter uma linha como essa para cada instância em execução:
username 26546 5581 71 12:51 ? 00:00:07 /usr/lib/jvm/java-6-openjdk-amd64/bin/java -Dcatalina.base=/home/ringo/eclipseWorkspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0 -Dcatalina.home=/home/ringo/java/apache-tomcat-7.0.37 -Dwtp.deploy=/home/ringo/eclipseWorkspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0/wtpwebapps -Djava.endorsed.dirs=/home/ringo/java/apache-tomcat-7.0.37/endorsed -Dfile.encoding=UTF-8 -classpath /home/ringo/java/apache-tomcat-7.0.37/bin/bootstrap.jar:/home/ringo/java/apache-tomcat-7.0.37/bin/tomcat-juli.jar:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk-amd64/lib/tools.jar org.apache.catalina.startup.Bootstrap start
O segundo valor na linha é o ID do processo. Você pode usar o comando kill para finalizá-lo, por exemplo:
kill -9 26546
Para encontrar o processo e eliminá-lo em um único comando:
ps -ef | grep "org.apache.catalina.startup.Bootstrap" | grep -v grep | awk '{ print $2 }' | xargs kill -9