Poderia ser porque sua conta no MYSQL poderia ser mais de um.
Por exemplo, root, root @ localhost e [email protected].
Então, primeiro verifique as contas de usuário no servidor:
select User from mysql.user where mysql.user like '%root%';
Em seguida, atualize a senha de acordo.
Como alternativa, você também pode usar o mysqladmin para alterar a senha, que eu descobri ser uma solução melhor.