Eu verificaria as versões do servidor MySQL para os parâmetros corretos, pois existem diferenças entre eles.
Por exemplo link
O que indica que log_slow_queries
é depreciado a partir da versão 5.1.29 e você precisa usar slow_query_log = 1
para ativá-lo e slow_query_log_file = /path/to/file.name
Antes de 5.1.29 você usou log_slow_queries = /path/to/file.name
para especificar onde registrar as consultas.
Entre 5.1.12 e 5.1.29 você pode usar qualquer variante.
Pode ser que sua caixa de produção seja 5.1.29 ou superior, e sua caixa de desenvolvimento seja pré-5.1.29 e possa, portanto, entender as opções que você está usando, e a caixa de produção não pode ...