Claro que existe. Usando o PowerShell, você pode parar a vm, iniciar a mesclagem, aguardar a competição e iniciar a vm.
Atualização: achei que executar uma mesclagem era assíncrono quando executado no PowerShell, mas parece ser síncrono. Então, um script ficaria assim:
$vm = Get-VM theNameOfYourVm
$vm | Shutdown-VM
$vm | Get-VMCheckpoint | Merge-VMCheckpoint
$vm | Start-VM