Existem vários PROs e CONs:
5.x vs. 6.x
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Seu novo provedor realmente suporta o CentOS 6.0 agora? Por exemplo, a Rackspace Cloud apenas promete suporte ao Centos 6.0 "em breve", agora você terá que começar com 5.6.
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Você valoriza pacotes mais recentes ou precisa oferecer suporte a software legado, especialmente o código-fonte fechado construído para a versão 5.x? Se você não precisa dar suporte a softwares mais antigos, eu diria que comece a usar uma versão mais recente.
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Você sabe que não há um caminho de atualização de 5.x para 6.x? Por exemplo. você terá que fazer uma reinstalação completa se você instalar o 5.x agora, mas precisar do 6.x mais tarde.
32 bits versus 64 bits
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O que a sua hospedagem oferece? Alguns fornecem apenas plataformas suportadas de 64 bits ou apenas 32 bits? Por exemplo. algumas instâncias de nuvem da Amazon são de apenas 32 bits e as instâncias de nuvem da Rackspace são apenas de 64 bits.
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Em geral, o sistema de 64 bits recebe mais RAM para fazer o mesmo trabalho que o sistema de 32 bits. No entanto, também pode suportar e gerenciar com eficiência mais memória. Se você está planejando um servidor de 4GB ou maior, por todos os meios, o 64-bit é o caminho a percorrer. Se, por outro lado, você tiver 2 GB de memória em seu servidor, você realmente não precisa de 64 bits e o sistema de 32 bits gerenciará sua memória existente com menos desperdício.